На железнодорожном транспорте в отличие от других видов транспорта, функции организации и логистики перевозок грузов в контейнерах во всех видах сообщениях возложены на государственный орган управления федеральным железнодорожным транспортом. В настоящее время для успешного решения проблемы конкуренции с другими видами транспорта и реформирования управления контейнерными перевозками с участием автомобильного и других видов транспорта является необходимым создание в системе МПС контейнерной компании с организационно-правовой структурой управления Государственного Унитарного предприятия. В связи с прекращением функций государства в качестве основного заказчика перевозок грузов произошла потеря прямого инвестора в восстановление и развитие активов железнодорожного транспорта. В сфере организации перевозок грузов в контейнерах этот факт приводит к недостаточному обеспечению таких перевозок на специализированных фитинговых платформах (для перевозок крупнотоннажных контейнеров) и вагонах-контейнеровозах (для перевозок среднетоннажных контейнеров), а также практически в полном отсутствии поставок погрузочно-разгрузочной техники для терминалов. В отличие от перевозок других, массовых, видов грузов организация перевозок грузов в контейнерах требует технологического внимания и соответствующих операций с каждым контейнером, с каждым грузоотправителем, грузополучателем. В свою очередь, вопросы качества перевозок – доставки грузов в контейнерах “от двери до двери” в новых условиях хозяйствования требуют консолидации транспортной услуги на станциях и на дорогах в целом и создания новой вертикали управления. Решение проблемы выхода на современный уровень хозяйствования на рынке транспортных услуг не может быть достигнуто без создание на базе существующих профильных структур (станционного, отделенческого, дорожного и сетевого уровней) специализированного предприятия, способного эффективно влиять на привлечение грузов (в контейнерах) к перевозкам по Российским железным дорогам в отсутствии государственного заказа на них – Центра МПС России по организации и логистике перевозок грузов в контейнерах.